Un employeur peut pratiquer la subrogation, c’est-à-dire qu’il perçoit les IJSS nettes en lieu et place du salarié et qu’il les lui reverse sur la fiche de paie. Si l’entreprise applique la subrogation (et uniquement dans ce cas), le montant du prélèvement à la source doit être corrigé durant les 60 premiers jours pour les arrêts maladies non professionnelles.
Le traitement fiscal des IJSS en cas de subrogation est précisé dans le Bulletin Officiel des Finances Publiques-Impôts (BOFiP), dans le document référencé BOI-IR-PAS-20-10-10, publié le 15 mai 2018.
Réintégration partielle des IJSS
Les IJSS sont des revenus imposables. Lorsqu’elles sont versées à l’employeur en subrogation, elles apparaissent sur le bulletin de paie du salarié. Afin d’ajuster correctement la base de l’impôt, la législation prévoit un abattement temporaire : 3,8 % correspondant à la CSG déductible.
Cet abattement s’applique dans la limite des 60 premiers jours d’arrêt de travail, comptés à partir du premier jour